Saint-Colomban tire son nom de « Colombanus » un moine évangéliste Irlandais du VI siècle (540-615). La commune s’est dénommée Saint-Colombin jusqu’au décret du 26 Mai 1972. Dans la tradition des moines Irlandais, Colombanus entreprend un voyage d’évangélisation qui le conduit à accoster en Armorique en 575 avec douze de ses frères. Il traverse la Gaule puis s’établit à Luxeuil en 590 où il fonde un monastère. La reine Brunehaut fit émettre à son encontre un ordre d’exil. Il sera reconduit sous bonne escorte jusqu’à Nantes avec ses frères de la première heure. On l’embarque pour l’Irlande mais les vents contraires provoquent l’échouage de la nef dans l’estuaire de la Loire. La troupe s’échappe, le moine finira sa vie en Italie à Bobbio. La paroisse de St Colomban a été fondée par les moines de Noirmoutier, ils choisirent ce nom en mémoire du saint qui a inspiré leurs règles de vie.
Eglise Saint-Colomban Un nouvel édifice est construit en 1855, en lieu et place de la précédente qui était vétuste et trop petite (19 mètres de long, 7 mètres de large). Cette église du XIVème avait des murs à chaux et à sable, épais d’un mètre. Elle avait deux autels, l’un dédié à la Vierge et sainte Anne, l’autre à saint Nicolas et saint Jacques. Sur la nef était un petit clocheton abritant deux cloches, réparé en 1636. Pendant un temps, cette église a dépendu de l’abbaye cistercienne de Villeneuve, aujourd’hui aux Sorinières.
La nouvelle église est bénie le 17 mai 1859 par l’évêque de Nantes Mgr Jacquemet. À l’origine, une flèche de style roman surmontait le beffroi, mais une tempête l’ébranla en 1970 et elle fut abattue. Trois cloches sont installées en 1885 dans le beffroi et sont baptisées par l’évêque de Nantes Mgr Le Coq. Nommé curé de Saint Colomban en 1870, l’abbé Tardivel apporte quelques transformations à l’église. Les deux sacristies sont supprimées et les chapelles du Sacré-Cœur et de la Vierge sont alors réalisées. L’abbé fait en outre fabriquer la chaire qui sera plus tard transformée en ambon, les stalles, les bancs et les confessionnaux. Le Christ, qui date du XVème siècle, provient de l’ancienne église. Le mobilier de la sacristie date de 1874.
Le 24 août 1947, le Souvenir vendéen fait poser une plaque commémorative sur la façade du clocher. Elle est un hommage aux quelque 500 habitants massacrés le 10 février 1794, sous l’ordre du républicain Duquesnoy. L’église et la cure furent les seuls monuments restés intacts après l’incendie du pays lors du passage des colonnes infernales de Duquesnoy. L’abbé Pelletier assura alors un ministère clandestin, changeant souvent de résidence.